Магистратура включает в себя дисциплины общенаучного и профессионального циклов, научно-педагогическую и научно-исследовательскую практики, которые проводятся в экспедиционных условиях или научно-исследовательских центрах в России и за рубежом, а также научно-исследовательскую работу магистранта. Всё это позволяет уже с первых дней обучения принимать участие в научно-исследовательской деятельности университета. Наиболее старательные студенты представляют доклады с результатами своих работ на международных конференциях, публикуют научные статьи, получают премии и выигрывают гранты.

Список курсов образовательной программы «ФОБОС»:

Модуль 1. Теоретические курсы в области динамики и экологии океана
1. Геофизическая гидродинамика вод океана
2. Инерционно-гравитационные и градиентно-вихревые волны в океане
3. Гидродинамическое моделирование морских акваторий
4. Вихреобразование и вихревой перенос субстанции в океане
5. Моделирование круговорота вещества в морских экосистемах
Модуль 2. Базы данных гидрометеорологической информации и их статистический анализ
1. Работа с базами данных и визуализация гидрофизических и биотических полей
2. Программное обеспечение в океанологии
3. Статистическая гидрометеорология
Модуль 3. Физическая океанография
1. Физическая океанография морей, омывающих Россию
2. Водные массы и фронтальные зоны Мирового океана
3. Климатическая изменчивость ветрового волнения
4. Взаимодействие океана, атмосферы и ледяного покрова
5. Опасные и катастрофические явления в океанах и морях
Модуль 4. Промысловая океанология
1. Морские биоресурсы и продуктивность вод Мирового океана
2. Спутниковые методы диагноза состояния морской среды и выделения зон повышенной биологической и промысловой продуктивности
Модуль 5. Морская экология
1. Антропогенное загрязнение океанов и морей
2. Динамика и экология донных осадков

Специализация в определенных областях науки достигается за счет изучения профильных профессиональных дисциплин. Курсы по выбору и научно-исследовательская работа магистра формируют его индивидуальную образовательную траекторию. Выбор программы подготовки может осуществляться как самостоятельно, так и при консультировании с руководителем и преподавателями, реализующими программу.

Подготовку магистрантов по программам ведут профессора и доценты Института наук о Земле, наиболее активно развивающие научные исследования и дополняющие современные теоретические знания собственными результатами. К образовательному процессу привлекаются преподаватели других структурных подразделений СПбГУ, ведущие специалисты академических и отраслевых институтов.

Особое место занимает работа над магистерской диссертацией, являющейся законченным научным исследованием, обладающим признаками актуальности, научной новизны и достоверности. Для руководства диссертантом могут быть привлечены в качестве со­руководителей и консультантов ведущие исследователи сторонних организаций, в том числе и из-за рубежа. В этом случае диссертантам предоставляется возможность экспериментальных и аналитических исследований в зарубежных лабораториях. Темы диссертаций тесно увязываются с текущими научными разработками сотрудников СПбГУ или ведущих научных и производственных организаций. Они могут быть предоставлены и самими магистрантами, исходя из предшествующего опыта или перспектив последующей деятельности.